Pirate Bayn alkuperäiset ylläpitäjät tuomittiin vahingonkorvauksiin ja vankeuteen Ruotsin käräjäoikeuden toimesta vuonna 2009. Hovioikeusvalituksen ja -käsittelyn jälkeen Peter Sunde sai 8 kuukauden vankeustuomion, Fredrik Neij 10 kuukauden vankeustuomion ja Carl Lundström 4 kuukauden tuomion. Korvauksia he joutuvat maksamaan elokuva- ja musiikkialan yhtiöille 46 miljoonaa kruunua (noin 5,2 miljoonaa euroa).

Kolmikko yritti valittaa tuomiosta korkeimpaan oikeuteen, mutta korkein oikeus ei myöntänyt heille valituslupaa. Kolmikko ei välttämättä kuitenkaan joudu vankilaan, sillä Ruotsin lain mukaan oikeus voi halutessaan vähentää vankeusrangaistuksen kestoa 12 kuukaudella, koska juttu on yli viisi vuotta vanha.

Peter Sunden ja Fredrik Neijn vankeuteen joutumista voi vaikeuttaa myös se, että he eivät enää asu Ruotsissa. Pirate Bayn alkuperäiseen ylläpitäjäjoukkoon kuului myös Gottfrid Svartholm, joka ei kuitenkaan saapunut aiempiin oikeuskäsittelyihin, jonka vuoksi hän onkin saanut vuoden vankeusrangaistuksen. Itse asiassa edes Svartholmin asianajajalla ei ole tietoa hänen nykyisestä sijainnista. Joidenkin tietojen mukaan Svartholm asustelisi nykyään Kambodzassa.

Pirate Bayn tämän hetkisistä ylläpitäjistä ei tunnu kenelläkään olevan varmuutta.