Pirate Bayn alkuperäinen org-domain on hyllytetty toistaiseksi, eikä sitä voi käyttää. Pirate Bayn org-domain ei ole ollut enää aikohin palvelun päädomain, sillä sen tilalle vaihdettiin se-domain jo vuonna 2012. Tällöin Pirate Bayn ylläpitäjät vaihtoivat domainin, koska pelkäsivät Yhdysvaltain viranomaisten kaappaavan org-domainin.

Thepratebay.org on hyllytetty, koska sen omistaja ei ole vahvistanut yhteystietojaan. Saattaa olla, että se tulee takaisin käyttöön, kunhan yhteystiedot on varmennettu. Monet Pirate Bayn domaineista ovat palvelun perustajiin kuuluvan Fredrik Neij:n nimissä.

Pirate Bay on vaihtanut domainiaan monesti ja varsinainen vaihtoruletti nähtiin vuonna 2013, jolloin Pirate Bay joutui vaihtamaan domainiaan useasti. Vuonna 2013 Pirate Bay vaihtoi domainikseen thepiratebay.gl, hetkeä myöhemmin domainina oli .is, sitten .sx, jonka jälkeen tulivat .ac, .pe ja .gy. Näiden jälkeen palvelu vaihtoi takaisin Ruotsin .se -domainiin.

Pirate Bayn päädomainina on tällä hetkellä thepiratebay.se, joka ohjaa käyttäjän .gs, .la, .vg, .am, .mn sekä .gd -osoitteisiin.