Haittaohjelmien poistosovelluksia tekevä Malvarebytes kertoo, että Pirate Bayssä olevien mainosten kautta on jaettu haittaohjelmia. Haitallisia mainoksia on jaettu neljän mainosverkoston kautta, joista ainakin kolme vaikuttaa olevan ainakin jossain määrin epäilyttäviä. Yksi mainosverkosto on kuitenkin täysin normaali laillinen mainospalvelu, joka ei taida tietää mainoksissa olevista haittaohjelmista.

Haitalliset mainokset sisältävät Angler Exploit Kitin, joka koittaa löytää selaimissa ja selainten lisäosissa olevia haavoittuvuuksia. Haavoittuvuuden löydettyään Angler Exploit Kit asentaa käyttäjän koneelle Trojan.Ransom.ED -nimisen troijalaisen. Troijalainen voi lukita käyttäjän tietokoneen ja vaatia käyttäjää maksamaan palkkion lukituksen poistamiseksi. Troijalainen voi myös muun muassa asentaa koneelle lisää haittaohjelmia, poistaa tietoturvaohjelmia käytöstä, muuttaa koneen asetuksia ja näyttää käyttäjälle mainoksia

Pirate Bayn mainoksiin on ujutettu haittaohjelmia aiemminkin. Pirate Bayn mainokset ovat jakaneet haittaohjelmia myös ainakin vuosina 2010 ja 2012.